在游戏《霓虹深渊》中，使用宝石升级地牢的方法如下：

你需要收集足够的宝石，这些宝石可以在游戏的探索过程中找到，或者通过完成特定的任务和挑战来获得。

当你收集到足够的宝石后，打开你的地牢界面，在这个界面中，你可以看到你的地牢的当前状态和可用的升级选项。

选择你想要升级的地牢部分，这可能包括墙壁、地板、天花板等，你可以通过点击相应的按钮来选择。

点击“升级”按钮，这将消耗你选择的地牢部分所需的宝石数量，不同的地牢部分可能需要不同数量的宝石才能升级。

如果你有足够的宝石，你可以继续升级其他地牢部分，或者选择保存你的进度并退出界面。

返回到游戏主界面，你会发现你的地牢已经根据你的选择进行了升级。